菌種的優劣是食用菌生產成敗的關鍵。菌種是國家重要的生物資源，也是微生物工廠首要的生產資料。由于微生物繁殖快、易變異，因此微生物菌種特別需要妥善保藏。世界各國對微生物菌種都很重視。中國科學院微生物研究所專門設立了菌種的保藏機構，為各生產單位收藏和供應各種優良菌種。當然就具體的生產單位而言，大量的生產用菌種還得靠自己來生產和保藏。
菌種保藏的目的：是使優良菌種經過較長時間后，仍能保持菌種的優良性狀、生活能力及純度，降低菌種的衰亡速度，確保菌種的純一，防止雜菌污染及絕種。
保藏菌種的方法：人們在長期的生產實踐中，積累了不少保藏菌種的經驗，常用的保藏方法有：斜面低溫保藏法、液體石蠟保藏法、砂土管保藏法、濾紙片保藏法、谷粒保藏法等。常用保藏菌種的方法有以下幾種：
（1）斜面低溫保藏法這是最簡單最普通的保藏方法。首先將菌種在適宜的斜面培養基（一般PDA）上培養成熟后，選擇菌絲生長粗壯，邊緣保存。一般保存溫度4～6℃，除草菇和銀耳菌種外（10～15℃），此方法對其他食用菌都適宜，一般菌種可保藏2～4個月，所以需定時移接。此法保藏雖然方便，但是保藏時間短，需經常轉管，也很容易發生衰退變異現象。因此，不能用作長期保藏，最好與其他方法結合起來保藏。
另外，為了減少保藏期間培養基水分蒸發，瓊脂最好加到2.5%。為防止菌種在保藏過程中產酸分的積累，應加入0.2%的磷酸氫二鉀、磷酸二氫鉀等緩沖鹽類，同時，培養成熟后，最好將棉塞管口外剪平，并用礦蠟封或換以無菌木塞，這樣做也可以減少培養基水分的散失，延長保存時間。
在農村如果沒有冰箱，可采用土法保藏。即把保藏用的斜面菌種換上無菌橡皮塞，并用礦燭蠟封后密閉的廣口瓶中，懸入井底保藏。（2）貯藏室保藏法原種和栽培種一般只在貯藏室短期保藏，貯藏室溫度0～10℃為好。室內應清潔、干燥、無光，應經常檢查溫度和濕度，以降低其生活力，減少變異退化，防止雜菌污染，避免過早出菇。溫度越高，保存的時間越短。